杜泽逊教授的《四库存目标注》六十卷，2007年10月由上海古籍出版社出版，这是《四库全书总目》中“存目”书籍知见版本的首次全面汇录，总字数逾300万，弥补了《四库全书总目》版本研究长期留下的一大空白。

《四库存目标注》是与《增订四库简明目录标注》配套的版本目录学工具书。杜泽逊教授曾参与《四库全书存目丛书》编纂，目验古籍版本约五千种，又进而寻访有关古籍，并参考大量前人时贤版本目录这著作，以十余年之功独力撰成此书。该书取中华书局影印本《四库全书总目》“存目”出条，并补入胡虔《四库全书附存目录》多出的33种(条)，凡列6824条。该书不但增加了四库采进本的著录近万条，可据以补《四库全书总目》的缺漏，也可验核提要所述正确与否；对于同一著作的不同版本按刊刻传抄先后排序，对于同一系统版本则努力探寻祖本，依次排出传承顺序。即便多次印入丛书之本也力求理清源流，凡目验或有资料记载的版本，均详录书籍版式行款，遇有纸墨刻印极佳或残缺漶漫者必作提示，兼录序跋题识、校评阅刊行者与刻工姓名、藏书印鉴，务为读者提供丰富的版本源流、书籍原貌和流传信息。

全书共分八大册出版，书中还附四种索引，包括《撰校评阅序跋者索引》《书名索引》《刻工写工及刻抄者名号索引》《藏书家及藏书印鉴索引》。